Вирус клещевого энцефалита передается человеку, в основном, через присасывание зараженных иксодовых клещей. Заражение также может произойти при заносе клещей животными (собаками, кошками) или людьми – на одежде, с цветами, ветками и т. д. Возникновение заболевания возможно и при втирании в кожу вируса при раздавливании клеща или расчесывании мест укуса.

Другой путь заражения – употребление в пищу сырого молока коз, у которых в период массового нападения клещей вирус может находиться в молоке. Существует вероятность заражения клещевым энцефалитом также через молоко коров.

К заражению клещевым энцефалитом восприимчивы все люди (независимо от возраста и пола). Наибольшему риску подвержены лица, деятельность которых связана с пребыванием в лесу – работники леспромхозов, геологоразведочных партий, строители автомобильных и железных дорог, нефте- и газопроводов, линий электропередач, топографы, охотники, туристы. Горожане заражаются в пригородных лесах, лесопарках, на садово-огородных участках. Период активности клещей в природе начинается весной и продолжается до октября. Максимальное количество клещей наблюдается в первой половине лета.